Η μεγάλη πλειονότητα των κυττάρων του ανοσοποιητικού συστήματος (περίπου το 80%) βρίσκεται στα κύτταρα του εντέρου. Από την πλευρά της, η εντερική χλωρίδα περιορίζεται σε μια αποκλεισμένη περιοχή -στον βλεννογόνο του εντέρου- ώστε τα βακτήρια να μην πλησιάζουν επικίνδυνα κοντά στα κύτταρα του εντερικού τοιχώματος.
Το ανοσοποιητικό σύστημα οφείλει να είναι εξαιρετικά προσεκτικό στο έντερο επιτρέποντας στα πολλά βακτήρια που βρίσκονται εκεί να ζουν ειρηνικά. Ταυτόχρονα όμως, οφείλει να εντοπίζει τα επικίνδυνα βακτήρια και να τα ξεριζώνει. Επίσης, οφείλει να διαχωρίζει τα βακτηριακά κύτταρα από τα κύτταρα του ανθρώπινου σώματος αν και αυτό δεν είναι πάντα εύκολο.
Ορισμένα βακτήρια έχουν επιφανειακά δομές που μοιάζουν αρκετά με τις αντίστοιχες στα δικά μας κύτταρα. Αυτός είναι ο λόγος που, για παράδειγμα, η οστρακιά πρέπει να αντιμετωπίζεται άμεσα με αντιβιοτικά διότι, στην αντίθετη περίπτωση, το ανοσοποιητικό σύστημα ίσως αρχίσει να μπερδεύει τα κύτταρα στις αρθρώσεις ή σε άλλα όργανα με τα βακτήρια που προκαλούν την οστρακιά, με αποτέλεσμα να τους επιτεθεί. Ξαφνικά, μπορεί να θεωρήσει ότι στο γόνατο μας κρύβονται παθογόνα μικρόβια και να προκληθεί αυτοάνοση πάθηση.
Προτού επιτραπεί σε ένα ανοσοποιητικό κύτταρο να εισέλθει στο κυκλοφορικό σύστημα, πρέπει να ολοκληρώσει ένα στάδιο εκπαίδευσης. Στο κέντρο εκπαίδευσης του εντέρου μαθαίνουν τα λευκά κύτταρα να είναι ανεκτικά με τα ξένα σώματα, ή μάλλον μαθαίνουν να είναι καλύτερα προετοιμασμένα για τη συνάντηση μαζί τους.
Υπάρχει ένα περίπλοκο μάθημα που πρέπει να μάθουν τα κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος: Πώς αντιμετωπίζουν ξένα σώματα που στην πραγματικότητα δεν είναι βακτήρια αλλά τους μοιάζουν πολύ; Για παράδειγμα, τα ερυθρά αιμοσφαίρια έχουν στην επιφάνεια τους πρωτεΐνες που θυμίζουν βακτήρια. Το ανοσοποιητικό σύστημα θα τα έβαζε με το ίδιο μας το αίμα αν στο κέντρο εκπαίδευσης δεν είχε μάθει ότι δεν πρέπει να τα αγγίξει.
Αυτή η επιχειρησιακή ετοιμότητα διδάσκεται μέσω της εκπαίδευσης από τα εντερικά βακτήρια. Κάθε είδος βακτηρίου έχει τον τρόπο του να επηρεάζει το ανοσοποιητικό σύστημα. Για παράδειγμα, έχει παρατηρηθεί ότι ορισμένα είδη καθιστούν το ανοσοποιητικό σύστημα πιο ανεκτικό, οδηγώντας στην παραγωγή περισσότερων ειρηνόφιλων, διαμεσολαβητικών κυττάρων, ή ότι επηρεάζουν τα κύτταρα παρόμοια με την κορτιζόνη ή άλλα αντιφλεγμονώδη. Έτσι οδηγούμαστε σε ένα πιο ήπιο, λιγότερο επιθετικό ανοσοποιητικό σύστημα.
Έχει παρατηρηθεί ότι στο λεπτό έντερο των ζώων ότι υπάρχουν βακτήρια που «προβοκάρουν» το ανοσοποιητικό σύστημα. Γίνονται διάφορες εικασίες γι’ αυτό. Βοηθούν άραγε αυτοί οι προβοκάτορες να διατηρείται σε χαμηλά επίπεδα ο βακτηριακός πληθυσμός στο λεπτό έντερο;
Ορισμένα ερωτήματα ίσως απαντηθούν από μια μελέτη που περιλαμβάνει ποντίκια απαλλαγμένα από μικρόβια, σε ένα εργαστήριο της Νέας Υόρκης. Πρόκειται για τα καθαρότερα πλάσματα στον πλανήτη τα οποία ήρθαν στον κόσμο με καισαρική σε αποστειρωμένο περιβάλλον, ζουν σε αντισηπτικά κλουβιά και καταναλώνουν αποστειρωμένη τροφή στον ατμό.
Συχνά αυτά τα πειραματόζωα βρίσκονται σε υπερδιέγερση και επιδεικνύουν έλλειψη επιφυλακτικότητας, κάτι αντίθετο με τη φύση τους. Τρώνε περισσότερο από τα ποντίκια που έχουν μικρόβια, ενώ η διαδικασία της πέψης απαιτεί περισσότερη ώρα. Έχουν τεράστια σκωληκοειδή απόφυση, συρρικνωμένη πεπτική οδό με λίγες λάχνες, λίγα αιμοφόρα αγγεία και μειωμένο αριθμό ανοσοποιητικών κυττάρων. Αποτελούν εύκολη λεία ακόμα και για σχετικά ακίνδυνα παθογόνα μικρόβια.
Η κατανάλωση κοκτέιλ βακτηρίων που λαμβάνονται από άλλα ποντίκια οδηγεί σε απίστευτα αποτελέσματα. Αν τους χορηγηθούν βακτήρια από ποντίκια με διαβήτη τύπου 2, σύντομα αναπτύσσουν προβλήματα μεταβολισμού της ζάχαρης. Αν τους χορηγηθούν βακτήρια από παχύσαρκους ανθρώπους, έχουν μεγαλύτερες πιθανότητες να κερδίσουν βάρος παρά αν λάμβαναν βακτήρια από ανθρώπους με κανονικό βάρος.
Οι έρευνες που γίνονται γι’ αυτά τα ποντίκια έχουν εμπλουτίσει τις γνώσεις των επιστημόνων οι οποίοι μπορούν πλέον να υποθέσουν βάσιμα ότι το μικροβίωμα που ζει μέσα μας επηρεάζει πολλά θέματα της υγείας μας.
